ISOLASI DNA SECARA SEDERHANA

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molekul (molekul utama) yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolism dalam setiap organisme. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA terikat membentuk kromsom dan ditemukan di nucleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua “benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hydrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat didalam setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai “cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain.

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan misalnya bawang, kacang merah, buah-buahan (seperti tomat, pisang, jeruk dll), hati , daging dll. Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain : preparasu esktrak sel, pemurnian DNA dari esktrak sel dan presipitasi DNA. Upaya untuk mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding dan membran sel dan juga membran inti. Cara yang digunakan untuk merusak membran-membran tersebut sangat beranekaragam, misalnya dengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil. Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel dapat pula dirusak dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia, DNA yang didapatkan dalam pengamatan kali ini adalah DNA yang berupa benang-benang halus.

Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan yang disebabkan oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia.senyawa kimia yang mampu merusakmembran ataupun dinding sel antara lain lisozim yang mampu mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga kekakuan sel tidak lagi dapat terjaga. Selain itu, ada pula senyawa EDTA (etilendiamintetraasetat) yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg²⁺ yang penting untuk mempertahankan struktur selubung sel serta menghabat enzim yang dapat merusak DNA. Dalam proses isolasi DNA, deterjen berfungsi menggantikan senyawa-senyawa kimia tersebut di atas. Deterjen mengandung sodiumdodesil sulfat (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membran akan rusak dan melisiskan isi sel.

Pada pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk melekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na⁺ yang dikandungkan oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative  pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na⁺ berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul. Sedangkan penambahan alcohol pada permukaan larutan bertujuan untuk melakukan presipitasi sehingga DNA yang telag terkumpul tadi mampu memisah dari larutan dan terbentuklah lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi unsur penyusunnya.

Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis sampel dapat memberikan hasil yang berbeda. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolate yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam esktrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.